आखिरकार जिसका अंदेशा था वही हुआ - यूजीसी (यूनिवर्सिटी ग्रांट्स कमीशन) ने अपने ऑडिट रिपोर्ट में एएमयू किशनगंज सेंटर को बंद करने की अनुशंसा की है ! केंद्र सरकार को सौंपी गई रिपोर्ट में यूजीसी ने कहा है कि किशनगंज (बिहार), मल्लपुरम (केरल) और मुर्शिदाबाद (पश्चिम बंगाल) में स्तिथ अलीगढ मुस्लिम यूनिवर्सिटी के कैंपस को चलाने का कोई औचित्य नहीं बनता ! यूजीसी के ऑडिट रिपोर्ट में यह कहा गया है कि इन सेंटरों को अनुदान देना अनुचित है और यह अनुशंसा की गई कि इन सेंटरों को नज़दीक के यूनिवर्सिटी के विलय कर दिया जाए ! ऑडिट रिपोर्ट में एएमयू से प्राप्त दस्तावेज़ों का हवाला देते हुए लिखा गया है कि सेंटर स्थापित करने की परियोजना का उद्देश्य मुस्लिम बहुल आबादी वाले छेत्रों में छात्रों को गुणवत्तापूर्ण शिक्षा और आधुनिक एवं वैज्ञानिक शिक्षा का प्रसार करना था !
रिपोर्ट में कहा गया है कि एएमयू प्रशासन का किशनगंज, मल्लपुरम और मुर्शिदाबाद में मुस्लिम बहुल आबादी के आधार पर सेंटर स्थापित करने का निर्णय भी पूरी तौर पर संतोषजनक नहीं है ! अगर मुस्लिम आबादी को ध्यान में रखा जाए तो जम्मू - कश्मीर राज्य के कई जिलों में 95 प्रतिशत मुस्लिम आबादी है और असम राज्य के धुबरी में 74.3 प्रतिशत मुस्लिम आबादी है ! जबकि मल्लपुरम में 68 प्रतिशत, मुर्शिदाबाद में 67.4 प्रतिशत और किशनगंज में 63.7 प्रतिशत मुस्लिम आबादी है ! ऑडिट रिपोर्ट में बताया गया है कि एएमयू के तीन सेंटरों के लिए योजनाबद्द खपत 3756.69 करोड़ रुपये निर्धारित किया गया था !
